PRAMUKA
Kegiatan Ekstrakurikuler Pramuka ini merupakan ekstrakurikuler wajib bagi kelas VII di MTsN 2 Bantul , ekstrakurikuler ini dilaksanakan setiap hari Sabtu pukul 12.30 – 15.00 WIB
HADROH
Kegiatan Ekstrakurikuler Hadroh ini dilaksanakan setiap hari Jumat Pukul 13.00 – 14.00 WIB .
Hadroh MTsN 2 Bantul tampil di berbagai kegiatan seperti Harlah dan acara Wisuda Purna Siswa mereka menampilkan beberapa lagu sholawat atau lagu Islami
RISET
Ekstrakurikuler riset ini sudah menyumbangkan banyak prestasi di bidangnya, MTsN 2 Bantul ditunjuk sebagai Madrasah Riset dimana madrasah ini mendukung penuh kegiatan yang berkaitan dengan kegiatan Riset baik yang diadakan tingkat nasional maupun internasional.
Seni Tari
Ekstrakurikuler Seni Tari selalu menjadi pembuka berbagai acara di MTsN 2 Bantul. Tak hanya menjadi ekstrakurikuler yang melestarikan budaya, ekstrakurikuler Seni Tari juga berperan aktif dalam membentuk kreatifitas peserta didik untuk tampil percaya diri dan aktif menampilkan talenta gerak yang dimiliki.
SEPAK BOLA
Sepak bola merupakan cabang olahraga yang paling diminati di MTsN 2 Bantul. Ekstrakurikuler ini mendapatkan animo sangat besar khususnya dari peserta didik laki-laki. Kegiatan latihan ekstrakurikuler sepak bola diadakan seminggu sekali di lapangan Trirenggo Bantul.
Drum Band
Ekstrakurikuler Drum Band di MTsN 2 Bantul merupakan salah satu ekstrakurikuler yang cukup dikenal di Kabupaten Bantul dengan nama Gita Banaran Mulia. Drum Band menjadi ekstrakurikuler musik di MTsN 2 Bantul yang akan dihidupkan kembali untuk melatih bakat-bakat muda Matsandaba dalam melatih kedisiplinan dan kerjasama tim.
